El 20 de marzo de 1984, se publicó en el Diario Oficial de la Federación, el Decreto que establece los Lineamientos que Orientarán las Acciones de Descentralización de los Servicios de Educación Básica y Normal; en él se prevé la celebración de acuerdos de coordinación con los gobiernos estatales, así como las modalidades y mecanismos para la prestación, de manera coordinada, de los servicios federales de educación básica y normal, y de los servicios educativos estatales; asimismo, contempla la creación del Consejo Estatal de Educación Pública y de la Dirección General de Servicios Coordinados de Educación en cada Estado.

En el mes de junio de 1984, se inicia la firma de los Acuerdos de Coordinación para la Descentralización de la Educación Básica y Normal, culminando en el mes de abril de 1987; con ello quedaron establecidos los 31 Servicios Coordinados de Educación Pública en los Estados.

El Gobierno Federal, los Gobiernos Estatales y el Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación, suscribieron, el 18 de mayo de 1992, el Acuerdo Nacional para la Modernización de la Educación Básica, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 19 de mayo de ese mismo año, mediante el cual se comprometen recursos presupuestales para la educación pública y se propone la reorganización del sistema educativo, la formulación de los contenidos y materiales educativos, así como la revaloración de la función magisterial.

Así, el 3 de junio de 1992, como consecuencia del Acuerdo Nacional para la Modernización de la Educación Básica, la H. “LI” Legislatura del Estado de México decretó la Ley que Crea el Organismo Público Descentralizado de Carácter Estatal denominado “Servicios Educativos Integrados al Estado de México”, identificado con las siglas SEIEM, que tiene como objeto hacerse cargo integralmente de los servicios de educación básica y normal que le fueron transferidos por el Gobierno Federal.

A partir de la creación de Servicios Educativos Integrados al Estado de México, su organización y funcionamiento ha requerido diversas adecuaciones estructurales, para dar respuesta a las necesidades de operación de los servicios de educación básica y normal; por ello, en octubre de 1992 la Secretaría de Administración autorizó una estructura de organización integrada por 65 unidades administrativas (una Dirección General, una Contraloría Interna, dos Coordinaciones, cuatro Unidades, ocho Direcciones de Área, nueve Subdirecciones, 37 Departamentos y tres Delegaciones), con el fin de facilitar el desarrollo de los programas y metas del organismo.

Con el propósito de fortalecer la operación del organismo, en octubre de 1997 la Secretaría de Administración autorizó una estructura de organización, en la que se consideró la creación de tres departamentos de educación media para el Valle de México, la supresión del Departamento de Extensión Educativa y Proyectos y la creación del Departamento de Carrera Magisterial, así como la formalización de 14 Departamentos como desdoblamientos organizacionales de la Contraloría Interna, la Unidad de Asuntos Jurídicos, el Centro de Cómputo, la Unidad de Desarrollo Institucional y la Unidad de Instalaciones Educativas.

En enero de 2002, la Secretaría de Administración autorizó una nueva estructura organizacional de Servicios Educativos Integrados al Estado de México, con el objeto de simplificar, actualizar y adecuar las unidades administrativas, en la cual se incorporaron tres direcciones de área, seis subdirecciones y 13 departamentos, integrándose por 103 unidades administrativas (una dirección general, una contraloría interna, tres unidades staff, dos coordinaciones, 11 direcciones de área, 15 subdirecciones y 70 departamentos), coadyuvando a reforzar con ello la desconcentración de las decisiones en materia educativa, a mejorar la calidad de los servicios educativos y a proporcionar a los usuarios atención ágil y oportuna.

Posteriormente, en enero de 2008, la Secretaría de Finanzas autorizó una reestructuración administrativa a SEIEM, la cual consistió en crear la Secretaría Técnica de la Junta de Gobierno de Educación Superior y Educación Continua, como una instancia encargada de organizar las sesiones de trabajo, así como de dar seguimiento a los acuerdos y decisiones de la Junta.

Así, la estructura de SEIEM quedó integrada por 104 unidades administrativas: una Secretaría Técnica, una Dirección General, una Contraloría Interna, tres Unidades Staff de Dirección General, dos Coordinaciones, 11 Direcciones de Área, 15 Subdirecciones y 70 Departamentos.

Finalmente, en abril de 2009 la Secretaría de Finanzas autorizó este organismo descentralizado una reestructuración administrativa, la cual consistió en cambiar de adscripción la Dirección de Educación Superior, conjuntamente con tres departamentos bajo su coordinación, que dependían directamente de la Dirección General, para pasar a la línea de autoridad de la Coordinación Académica y de Operación Educativa, así como el cambio de denominación de la Coordinación de Operación Educativa por Coordinación Académica y de Operación Educativa, y el Departamento de Registro y Certificación Escolar por Departamento de Control Escolar. Por lo cual, la estructura de organización de SEIEM quedó integrada por las mismas 104 unidades administrativas.