Debido a la preocupación de muchos padres de familia para que sus hijos continuaran estudiando y no se estancaran en el nivel primaria; la comunidad de Toma de Agua empezó gestionar ante las autoridades competentes la apertura de esta escuela, la cual fue fundada para que los jóvenes cursaran sus estudios de secundaria en la comunidad, pues los que seguían estudiando tenían que trasladarse a otra donde hubiera una secundaria, y esto significaba tiempo y gastos a la economía familiar.
El gestor principal de esta institución, fue el Prof. Rubén Abraham Estévez, director en ese entonces de la Escuela Primaria "Plan de Ayala" de la comunidad. Es por ello que, el 21 de agosto del 2003 comenzó a prestar servicios nuestra escuela a a través de la modalidad de telesecundaria en uno de los salones de la escuela primaria. Fue inaugurada con un grupo de primer grado en un acto cívico con presencia del Prof. Noé Lagunas García, Supervisor de la Zona Escolar No. 17 de Telesecundarias en el Valle de Toluca; quedando como responsable de la d dirección de la escuela el Prof. Gregorio García Gayosso. En esa fecha se mantuvo una matrícula de 30 alumnos, aproximadamente.
Con la administración directiva del profesor García Gayosso, iniciaralos las gestiones ante la comunidad para conseguir un terreno donde se construirían las instalaciones de la escuela; siendo el donador el C. José Tejeda Giral, un gran ser humano.
El 01 de octubre del 2003, se inició el trámite para asignar el nombre de la escuela, enviándose tres biografías, entre la que destacó la de Cristóbal Colón, autorizado oficialmente el 17 de octubre del 2003.
En octubre de 2005, tomó el cargo de director el Prof. Gilberto Torres Nava, cuando la escuela contaba únicamente con el terreno para la su construcción. Pero, con dedicación, gestión y apoyo tanto de dependencias federales, estatales y municipales, así como de los padres de familia, se pudo hacer cambios notables a la infraestructura, la cual actualmente cuenta con 3 aulas, plaza cívica, sala de cómputo y servicios sanitarios.
Desde el mes de octubre de 2010 hasta hoy, la responsabilidad de la escuela está a cargo del Prof. Victoriano Burgos Morales, quien desde que ocupa el cargo se ha preocupado por la proyección de la institución a través de diversas actividades académicas, como lectura en eventos de gran relevancia con el tema "Te Platico Un Libro", así como la participación de la escuela en diversos foros, con base en Tecnologías de la Información y Comunicación (TIC) y Tipos de Energía, en el ciclo escolar 2010-2011.
El 10 de agosto del 2017, nuevamente toma el cargo de director el Prof. Gregorio García Gayosso, el cual gestionó y logró recursos en el año 2021 para la rehabilitación de todo el plantel, incluyendo el sanitario, pintura interior y exterior y la permeabilización de los edificios
En el mes de diciembre del 2022, a través del Programa "La Escuela es Nuestra" con un recurso otorgado de doscientos mil pesos se construyó la techumbre de la la plaza cívica
Nuestra escuela tuvo el honor de ser sede del primer encuentro de Ajedrez a nivel Zona el 08 de diciembre de 2022.
Se sabe que falta mucho por hacer, pero con dedicación, esfuerzo y apoyo de los diferentes sectores, se logrará que en breve esta institución educativa cuente con todo lo necesario para prestar mejores servicios a la comunidad estudiantil.
