El 27 de agosto de 2006 comenzó a brindar servicio a los 28 alumnos inscritos, días después, gracias a la labor del Mtro. Ignacio García Juárez; supervisor de la zona escolar se funda de manera oficial el 05 de septiembre de 2006 con clave C.T. 15DST0216J.
Inició sus labores con cuatro docentes como fundadores y posteriormente en el mes de noviembre del mismo año es nombrado el Profr. Edgar Rosas Cariño como primer director de la Institución, tiempo después se integrarán más miembros del personal, es así como en abril del 2008 se ocupan las instalaciones donde actualmente se labora.
En el año de 2011 se nombra a la Profa. Irma Santibañez como segunda directora, durante su cargo, en noviembre del 2012 debido a una fisura que se presenta en uno de los salones de la planta alta, después de una revisión por parte del personal de HOMEX se le notifica que se deberá evacuar el edificio, para demolerlo se recurre al municipio quien brinda albergue a los alumnos y personal con el préstamo de un edificio escolar ubicado en el Fraccionamiento La Isla, mientras los trabajos de reconstrucción se ejecutaban.
El 13 de mayo del 2013 la Institución recibe la aprobación del nombre oficial: “Carlos Fuentes”.
En noviembre de 2014 llega a la escuela la Mtra. F. Griselda Arriaga Carranco como tercera directora, a partir de entonces y con el apoyo de la Asociación de Padres de Familia de ese ciclo escolar se empieza la gestión ante diversas instancias para poder reconstruir el edificio que años antes había sido demolido. Sumada la decidida intervención del C. Francisco Estrada, quien fuera Presidente Municipal Constitucional del municipio de San Antonio la Isla, fue en su periodo de gobierno y tras varios años de espera, en agosto de 2018 se hace realidad que la escuela vuelva a recibir a sus alumnos, después de haber permanecido cerrada durante seis años, además de que se logró la donación de terreno para la Institución y la construcción de la Dirección Escolar,
Después de la reinauguración realizada por un representante del Gobernador del Estado de México, la candidata a la Presidencia Municipal; Lizeth Marlene Sandoval Colindres y el Presidente Municipal en turno, madres, padres, alumnos, maestros y la comunidad en general celebraron tan esperada noticia.
A partir de entonces y bajo la responsabilidad de la Mtra. F. Griselda Arriaga Carranco se han logrado beneficios como instalación de bebederos, Sistema de captación de agua de lluvia con capacidad para almacenar hasta 10,000 litros, cámaras de vídeo vigilancia, cercado eléctrico, constante mantenimiento a los sanitarios, también se logró que la Institución tuviera su propia acometida de luz, antes de esto se trabajaba con una planta de luz. Con apoyo del municipio se logró la donación de un área jardinada para que los alumnos puedan esparcirse, una vez logrado esto, el predio que actualmente ocupa la escuela fue donado a SEIEM.
Durante el Ciclo Escolar 2021-2022, se registró una matrícula de 460 alumnos; 4 grupos de 1°, y 3 grupos de 2° y 3° respectivamente. El personal que la integra son: 1 Directora, 1 Subdirectora, 1 Coordinador Académico, 14 docentes, 2 prefectos, 1 Trabajadora Social, 3 administrativos y 2 intendentes.
