La apertura de esta institución se dio como resultado de la donación que ofreció el gobierno federal debido a la afectación del acueducto Cutzamala. Entre 1984 y 1986 se construyeron dos aulas, un espacio para la dirección y los baños para hombres y mujeres.
Las instalaciones estuvieron abandonadas dos años y a finales de 1989 se utilizaron para auxiliar a la primaria ya que carecía de aulas; las ocuparon durante dos ciclos escolares (1989-1992).
Posteriormente se ocuparon para diversas actividades como clases de tejidos, bodega de materiales, sala de juntas de la comunidad, se impartieron clases de otomí, y alfabetización para adultos.
En 1996 se gestionó la apertura de la escuela secundaria por los delegados, los señores Urbano Flores Flores y José Robustiano Portillo Bravo, junto con la Lic. Margarita de la Vega Lázaro quien era dirigente del Instituto de Lenguas Indígenas del Estado de México.
La escuela comenzó a funcionar a partir del mes de agosto de 1996, con la llegada del Profesor Nazario Manuel Cejudo Tarango con funciones de Prefectura, a quien posteriormente se le apoyó con 5 horas para impartir la materia de español. Dicho Profesor realizó una campaña para incrementar la matrícula escolar, a través de visitas domiciliarias a los alumnos que recién habían egresado de la primaria; de esa manera se integró un grupo de primer grado con un total de 32 alumnos.
Las autoridades oficiales que tuvieron injerencia en la apertura y marcha de la escuela fueron: Ing. Manuel Garza Caballero, director de los SEIEM, Prof. Arturo Ayala Ramírez, jefe de Sector; Prof. Ignacio García Juárez, Supervisor de la Zona, Prof. J. Alberto Torres Mata, director de la Escuela Secundaria. Era entonces presidente Municipal el Sr. Manuel Téllez Sarze y parte de la administración del presidente, Rafael Lucio Romero. La inauguración oficial del plantel fue en octubre de 1996 mismo año en que recibe la C.C.T 15DST0167R y recibe el nombre de SOR JUANA INES DE LA CRUZ.
La plantilla de personal se fue estructurando con la llegada del primer director a finales del mes de septiembre del año de 1996 el Prof. J. Alberto Torres Mata (1996-2003), durante su periodo se construyo el segundo edificio con cuatro aulas.
Posteriormente se integró el Profesor Bonifacio Salgado Fuentes, la Profa. María de Jesús Vidal Mendoza, la Profa. Margarita García Viveros y el Prof. Jesús Romero Esquivel
En el 2003 llega la segunda directora la maestra Raquel Flores Torres (2003-2016), en su periodo se construyeron tres aulas, el laboratorio, barda perimetral, malla ciclónica, portón de acceso principal y estacionamiento y se forro de azulejo todos los salones.
Se integran a la plantilla la maestra Juana Guadarrama Carriola quien hasta la fecha es trabajadora social, la maestra Brígida, l Maestra Aida entre otros y la maestra María Guadalupe Natali González Dávila en su cargo de subdirectora hasta la fecha.
El tercer director el maestro Daniel García Carnalla llega en el año 2017, en el tiempo que lleva se han construido dos aulas y la restauración de la plaza cívica.
La escuela cuenta con 6 grupos, dos de cada grado, sus instalaciones han avanzado mucho, se cuenta con instalaciones y amplios espacios para deporte y la recreación (áreas verdes).
