Fue fundada el 1° de septiembre de 1988, iniciando labores en la casa ejidal del pueblo de Cuanalán con un grupo de 1er. grado y 7 miembros de personal. La primera generación egresó en 1991, y el 1° de febrero de 1992 se inauguraron las instalaciones, las cuales fueron construidas por Comité Administrador del Programa Federal de Construcción de Escuelas (CAPFCE), (6 aulas, 1 laboratorio de ciencias, cooperativa, pórtico, módulo de sanitarios, cancha de basquetbol, voleibol y explanada).
El nombre de la escuela: “Moisés Sáenz”, fue autorizado el 12 de febrero de 1991.
Los directivos que han prestado servicios a la institución y las sociedades de padres de familia, se preocupan porque haya instalaciones dignas y un mejor aprovechamiento escolar, solicitando apoyos a instancias del gobierno federal, estatal y municipal.
Han dirigido la institución:
Profa. María del Rocío Lagos Rodríguez
Profa. Aída del Carmen Sánchez Douglas.
Prof. Gerardo Gallardo Ávila.
Profa. Sara Carreón Rodríguez.
Prof. Benjamín Serrato Torres.
Personal fundador:
Prof. Evelio Zepeda Hernández
Profa. Aurelia Castillo Pérez