El 20 de agosto de 2004, (Ciclo escolar 2004-2005, del 18 de agosto de 2004 al 30 de junio de 2005) el entonces presidente municipal del H. Ayuntamiento de Cuautitlán, México, Lic. Gabriel Casillas Zanatta, llevó a cabo la entrega física de las instalaciones de este plantel al Profesor Clemente Herrera Guadarrama, en su calidad de Supervisor de la Zona Nueva (Ahora Zona Escolar No. 31), “Con la finalidad de que se le brinde a la comunidad en edad escolar de dicho fraccionamiento, la instrucción escolar que esta demanda, impulsando así el servicio educativo como una alternativa más para acrecentar y elevar la calidad de vida. Satisfaciendo así las necesidades de la población y cumpliendo con lo que al H. Ayuntamiento le compete en materia educativa”
La Profesora Andrea Aduna García fue la primera directora de esta institución. Durante su gestión, el 20 de enero de 2005, los Servicios Educativos Integrados al Estado de México le dieron el nombre al plantel de ESCUELA SECUNDARIA GENERAL SOR JUANA INÉS DE LA CRUZ, así como el Centro de Trabajo 15DES0324Z. En el ciclo escolar 2004-2005 se ofreció el servicio educativo sólo en el turno matutino, contando con dos grupos de primer grado, un grupo de segundo y un grupo más de tercer grado, ocupando 4 de 12 aulas. Además de la profesora Andrea Aduna García, parte del personal fundador de esta Institución fueron los profesores Aurora Santiago Ramírez, Victoria Angélica Hernández Zuleta, Juan Manuel García Meraz, Julio Jorge Kemplay Zamudio, Píndaro Linares Pérez, Ulises Alvarado Flores, Ignacio Martín Valdez Gutiérrez, como secretaria de dirección la C. María Teresa Esther Suárez Olivier y como intendente la C. Guadalupe Falcón Montiel.
A finales del año 2005, se llevó a cabo cambio en la dirección del plantel, incorporándose a dicha función el Mtro. Héctor Raúl Chabelas Camargo. Durante la gestión del Mtro. Chabelas se logró el incremento de matrícula, gracias al reconocimiento de la labor formativa del plantel y a la preferencia de la comunidad. Tal incremento propició que en el año 2008 se hiciera necesaria la apertura de grupos en el turno vespertino para dar cavidad a la demanda de espacios para las niñas, niños y adolescentes que requerían del servicio educativo de dicha institución. Fue en este periodo que se instituyó como lema del plantel “No estudio por saber más, sino por ignorar menos”, frase célebre de la musa “Sor Juana Inés de la Cruz”, de quien lleva el nombre esta institución.
De noviembre de 2014 a septiembre de 2015, la dirección del plantel estuvo a cargo del Mtro. Juan Carlos Morales Perdomo, y aunque el periodo de esta gestión fue breve, también hubo logros importantes, como el incremento de matrícula de estudiantes para ambos turnos, debido al reconocimiento del compromiso del cuerpo docente y personal de apoyo, encabezado por C. Director, conocido por la comunidad escolar como el Mtro. Perdomo.
Posteriormente, de septiembre de 2015 a la fecha, dicha responsabilidad recae en manos de la Profra. Juana Bertha Campos Rodríguez. Durante esta última gestión se ha trabajado de manera muy cercana tanto con mamás, papás y personas responsables de nuestros alumnos como con instancias externas, procurado conservar la infraestructura del plantel en las mejores condiciones posibles, además de la adquisición de herramientas didácticas que faciliten la interacción entre docentes-alumnos, así como el proceso de enseñanza-aprendizaje. Todo esto se ha logrado gracias a los recursos provenientes de aportaciones voluntarias y por gestiones ante instancias como Gobierno del Estado de México, SEIEM y el Municipio de Cuautitlán, con el propósito de que estas instalaciones sean dignas de la población estudiantil que se tiene oportunidad de atender.
Actualmente se cuenta con 12 grupos en el turno matutino, de los cuales 4 son de primer grado, 4 de segundo grado y 4 más de tercer grado. En el caso del turno vespertino se cuenta con dos grupos de cada grado, haciendo un total 6 grupos en dicho turno. Las metas que como escuela nos proponemos se logran a partir del compromiso de directivos, docentes, así como el personal de apoyo a la educación, con cada uno de nuestros alumnos, atendiéndolos no como un todo, sino como un conjunto de personas con las que tenemos la oportunidad de interactuar, hijos de familias que han confiado lo más preciado que como padre se puede tener. Este compromiso se refleja en acciones, como es la actualización profesional permanente con la finalidad de adquirir los conocimientos y herramientas didáctico-pedagógicas que fortalezcan el desarrollo del proceso enseñanza-aprendizaje situacional, con mejor diseño de estrategias y actividades didácticas más interesantes, partiendo de la indagación sobre los conocimientos previos con los que cuentan nuestros estudiantes y en consecuencia atender las necesidades particulares de aprendizaje que puedan tener, conforme lo establece el artículo tercero constitucional, impartiendo una educación obligatoria, universal, inclusiva, pública, gratuita y laica.
La plantilla de personal adscrito a este plantel en el ciclo 2020-2021 consta de una directora para ambos turnos, un subdirector para cada uno de los dos turnos en que ofrece el servicio educativo, una plantilla docente de veinticuatro profesores, una trabajadora social, una prefecta, siete apoyos administrativos y dos intendentes.
