El origen de la escuela nació en los primeros días de septiembre de 1997, trabajando en las instalaciones del ahora Jardín de Niños "Tlaltonatiuh" ubicado en Av. las Torres, en Maquixco, Teotihuacan, Méx. a espaldas del panteón.
Comenzando con 4 grupos (dos primeros, un segundo y un tercero) con una matrícula inicial de 37 alumnos. Cuando inicio solo se llamaba de "nueva Creación", pero en septiembre de 2001, se le dio el nombre de “CIPACTLI”, cuyo significado es en la mitología Mexica, Cipactli era una voraz, primitiva y monstruosa criatura marina, mitad cocodrilo y mitad pez.
El terreno donde se construyó la escuela fue donado por la escuela primaria “José Ma. Morelos y Pavón” y en común acuerdo con los ejidatarios de Maquixco y fue entregado el 12 de mayo del 2000.
El espacio del lado derecho del plantel fue construido por CAPASE SEIEM, consistiendo en 2 aulas, baños, laboratorio de ciencias, aula de taquimecanografía y la cooperativa escolar.
Posteriormente se construyó el edificio con 4 aulas dos en la planta alta y 2 en planta baja a la derecha del plantel, en el ciclo escolar 2000-2001 por los padres de familia y la presidencia municipal. En el Ciclo escolar 2004-2005 se construyó un espacio provisional para la dirección y las oficinas administrativas del lado derecho, entre los años 2005 y 2007 se construyen las oficinas administrativas y la dirección en la entrada del plantel y el taller de cómputo en el lado izquierdo del mismo.
Durante el ciclo escolar 2007-2008 se construyó un aula en el ala derecha por la presidencia municipal y la aportación de padres de familia.
Del lado izquierdo se construyó un aula por parte de Instalaciones Educativas SEIEM, en el ciclo escolar 2012-2013, luego se construye el aula que ocupa el 1° "C" por la presidencia municipal y los padres de familia durante los años 2011-2014.
En 2018 con el apoyo de la sociedad de padres se realizó la obra de empedrado en un área de 500 metros cuadrados además de la remodelación de las oficinas de la dirección escolar principalmente la colocación de piso de azulejo.
Se gestiono ante el comisariado ejidal de Villa de San Juan Teotihuacán y sus barrios, la cesión de derechos de predio del plantel educativo. Se gestiono la construcción del comedor escolar con éxito, mismo que se inauguró en febrero de 2019, además de la gestión de la segunda toma de agua.
