Fue fundada en Septiembre de 1986 por el Prof. Félix Vázquez Valle, primer Director en funciones. Las clases se impartían en dos departamentos de la Unidad CROC-Aragón, los cuales se habilitaron como aulas; las condiciones de trabajo eran inadecuadas ya que se utilizaban cartulinas por carecer de pizarrones.
En ese tiempo solo había dos maestros que impartían varias materias, un contralor y una compañera de intendencia; esta última desempeñaba actividades como secretaria, prefecta y maestra de educación física. En esas condiciones se trabajó durante dos años.
En el ciclo escolar 1987-1988 tomó el cargo de director el profesor Epifanio Cruz Ángeles, el cual, preocupado por las carencias de materiales y equipo e incremento de la población estudiantil, gestionó junto con los padres de familia ante las autoridades correspondientes, la construcción del inmueble en el ciclo escolar 1988-1989. En apoyo a la gestión, la constructora de la unidad habitacional CROC-Aragón, construyó las instalaciones del plantel como acto donativo, a pesar de las disputas existentes con la escuela primaria, a la cual se dejó una parte.
Al término del ciclo escolar mencionado se llevó a cabo la clausura de la primera generación, y se aprovechó el momento para la inauguración de la escuela. En el siguiente ciclo escolar se envió una terna de nombres para que las autoridades de los SEIEM determinaran el que llevaría la escuela, resultando ganador el de " José Joaquín Fernández de Lizardi". También se incorporó como Subdirector al profesor Ricardo Maldonado Domínguez.
En el ciclo escolar 1991-1992 se construyeron las aulas con apoyo económico de los padres de familia, ya que las existentes no cubrían las necesidades de servicio, y se atendía a 3 grupos en el patio con manteados como techo. En ese mismo año se solicitó material para la construcción de dos aulas prefabricadas que funcionarían como talleres de dibujo y corte y confección; gestión a cargo del director y los padres de familia.
Lograron también que las autoridades educativas de la ciudad de Toluca apoyaran la construcción del laboratorio de ciencias y el taller de taquimecanografía, incluyendo butacas, restiradores y material de laboratorio.
En el ciclo escolar 1993-1994 toma el cargo de director el profesor Rufino Suárez Angulo, y en marzo del mismo año se integra como Subdirector el profesor J. Guadalupe Granados R. La escuela seguía teniendo carencias de aulas, equipo y mobiliario. Debido a ello, el profesor Granados gestionó con apoyo de los padres de familia la construcción de 4 aulas más, el laboratorio de computación, la intendencia, la cooperativa, la delegación sindical, la contraloría, trabajo social, casa para el velador y la re construcción de 2 aulas prefabricadas con materiales duraderos.
En el ciclo escolar 2003-2004 llegó como Directora de la Escuela la profesora Socorro Trigueros Ríos, y como Subdirectora la profesora Albina Hernández T, las cuales gestionaron y lograron que la escuela se integrara al Programa de Escuelas de Calidad (PEC), programa por medio del cual se adquirió mobiliario y equipo.
Desde noviembre del 2006, está a cargo de la Dirección el profesor Ricardo Maldonado Domínguez, quien en compañía del Profr. Miguel Ángel Rodríguez Dircio Subdirector de la Institución dieron apoyo decidido a actividades Inter escolares, como los Himnos Nacionales y el Concurso de Escoltas, así también fueron un factor decisivo en la rehabilitación del inmueble escolar durante los sismos del 19 de septiembre de 2017 que permitieron la reanudación pronta y segura de los alumnos, en cuanto a infraestructura se refiere se dio mantenimiento a la impermeabilización de la escuela, se colocaron pisos de losetas en las aulas, así como la construcción de un módulo de sanitarios dignos para los alumnos y se gestionó con IMIFE la construcción de un arcotecho y el cambio de la iluminación al interior de las aulas.
A partir del 1º de abril de 2022 se incorpora a la plantilla el Mtro. José Luis Mancilla Amador como Director de la Institución, quien tiene como principal reto resolver las dinámicas de convivencia que se presentan en la comunidad escolar, derivadas de la pandemia de COVID-19 que afecto a nuestra Nación y al resto del mundo. En este sentido se informo a docentes, personal de apoyo, administrativos y SAE sobre la Normatividad que debería de observarse con toda diligencia en adelante, con la firme convicción de garantizar la Educación de las niñas, niños y adolescentes bajo un marco de equidad, igualdad y participación.
