La escuela fue fundada en octubre de 1979, según relatos de los profesores fundadores que aún laboran en ella. En sus inicios, carecía de instalaciones y los servicios más indispensables como la energía eléctrica. El profesor fundador fue Amando Peralta Orozco, una persona caracterizada por sus aspiraciones de superación y lucha, que logró levantar esta escuela desde los cimientos hasta la construcción de los primeros tres edificios. Se trataba de un líder, enérgico y determinante en sus decisiones, pero de gran corazón.
En aquel tiempo, el servicio comenzó a brindarse en parte de las instalaciones del ISSSTECALLI (Centro de Capacitación y Recreación para los beneficiarios del ISSSTE), lugar que él mismo gestionó con las autoridades delegacionales de manera provisional. No había aulas, butacas, pizarrones, profesores ni alumnos. Tras girar oficios, tocar puertas y aprovechar influencias; la Universidad Autónoma de Chapingo donó el terreno donde se construiría el plantel. Una vez elegido este, fue motivo de gran controversia, pues pasaron seis años para decidirlo. Los trabajos de construcción de las instalaciones quedaron a cargo del Comité Administrador del Programa Federal de Construcción de Escuelas (CAPFCE).
En el año de 1989 fallece quien fuera su fundador y hasta entonces el único director. Tomó el cargo el supervisor de zona; el profesor José García Gallardo, quien, preocupado por el desacuerdo sobre el nombre elegido, y consciente de su importancia, inició con los trámites pertinentes. Después de encuestar al personal en función sobre dicha controversia, quedó de manifiesto el deseo de que la escuela llevara por nombre el del profesor fundador.
Ante la Secretaria de Educación Pública se presentó una solicitud debidamente requisitada, en ella se incluían los argumentos que justificaban que la escuela llevará ese nombre. El que emitió la Secretaría de Educación Pública mediante oficio expreso, en el cual se incluían tres propuestas como únicas opciones, tuvo que acatarse. La de mayor relevancia, de acuerdo con los principios y ubicación de la institución, según los distintos actores que conformaban la comunidad escolar, y por decisión unánime, se le asignó el nombre de “EMILIANO ZAPATA”.
La Unidad habitacional donde se encuentra ubicada la escuela es pequeña, pero cuenta con otros poblados aledaños, de donde proviene la mayor parte de alumnos, principalmente de clase media, de acuerdo con el registro de inscripción, gran parte de ellos son hijos de trabajadores de la Universidad Autónoma Chapingo; entre académicos y trabajadores administrativos. La cercanía con la universidad ha sido determinante en el funcionamiento, prestigio y proyección de la escuela; tanto en el aspecto administrativo, sociocultural e intelectual.
La escuela ha participado a lo largo de cada ciclo escolar en diferentes programas: Proyectos académicos, exposiciones, demostraciones pedagógicas, representaciones artísticas, culturales y deportivas. El alumnado ha participado de manera directa o indirecta, según el evento, el motivo y el espacio, en ocasiones tras una invitación abierta, como espectadores o visitantes, en otras como actores, representando con orgullo y dignamente a nuestro centro escolar; por ejemplo, en la feria del libro, evento que en los últimos años ha cobrado mayor importancia, no solo en el municipio, también en otros lugares. Se participa en la Semana Nacional de la Ciencia y Tecnología; celebrada en la Universidad Nacional Autónoma de Chapingo, en octubre de cada año.
Los profesores que han tenido la encomienda de dirigir a nuestra escuela son: Amando Peralta Orozco (fundador), Jorge Pérez López, Jesús Landa Marquina, Rafael Cedillo Martínez, Leonardo González Ramírez y Luis Antonio Alonso Gante director actual.
